最終確認：2026年7月27日（日本語版 2026年9月28日）・出典：税関、国税庁、財務省（本文中にリンク）
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日本で通関される商業貨物は、水際で最大2つの税を払います。関税と輸入消費税です。関税は品目と原産地によって決まり、消費税は関税込みの価格に一律10%（食品は8%）かかり、たいていはこちらの方が大きな金額になります。このガイドでは、両者の計算方法、少額貨物の軽減措置とそれがなくなる時期、そして消費税を取り戻せる一時的な資金負担にするか、恒久的な10%のコストにしてしまうかを分ける、海外のセラーが輸入消費税を取り戻す方法を説明します。
関税の計算方法
課税の基礎はCIFです。日本は輸入貨物をCIF価格で評価します。貨物の価格に、到着港までの国際運賃と保険料を加えたものです。関税はこの課税価格に該当する税率をかけて計算し、消費税はその課税価格に関税（と個別消費税）を加えた額に対して計算されます。税関は関税制度の概要（英語）でこれを明記しており、日本語の計算方法のページはカスタムアンサー1111です。米国のFOB評価に慣れている場合は、運賃部分にも税がかかることを予算に入れてください。
どの税率が適用されるか。日本の関税率表はHSコードごとに複数の税率を持ち、概略は次のとおり適用されます（公式の概要（英語）参照）。
- 基本税率：関税定率法で定める基本となる税率。
- 暫定税率：対象品目について基本税率に優先して適用。
- 協定税率（WTO税率）：WTO加盟国に適用される譲許税率で、基本・暫定税率より低い場合に適用。
- 特恵税率：条件を満たす開発途上国原産の貨物に、書類の要件付きで適用。
- EPA税率：CPTPP、日EU、日米、日英、RCEPなど、発効済みの約21の協定に基づく特恵税率（税関のEPAページ）。
EPA税率は、貨物が協定の原産地規則を満たし、適切な証明を持っている場合にだけ適用されます。自己申告は日豪、CPTPP、日EU、日米、日英、RCEPの各協定で利用でき（日米は輸入者による自己申告のみ）、メキシコ、スイス、ペルーとのEPAは認定輸出者による自己申告、それ以外の多くの協定は第三者証明による原産地証明書が必要です（税関の原産地手続のページ）。消費財の関税率は一桁台の低い率か無税であることが多く、多くの品目で問題になるのは関税ではなく消費税です。
輸入消費税：税率と課税標準
輸入消費税は、消費税の登録状況にかかわらず、保税地域から貨物を引き取る者、つまり輸入申告者が納めます。国税庁は、免税事業者や給与所得者でも引取りの際に納めると明言しています（国税庁 タックスアンサー6563）。関税の納税義務も同様に貨物を輸入する者にあります（カスタムアンサー1103）。
課税標準は課税価格（CIF）＋関税＋その他の個別消費税（酒税、たばこ税など該当する場合）です（税関の概要（英語））。税率は国税部分と地方部分に分かれます（国税庁 タックスアンサー6303）。
| 税率 | 国税部分 | 地方部分 | 輸入時の適用対象 |
|---|---|---|---|
| 標準税率10% | 7.8% | 2.2% | ほとんどの貨物 |
| 軽減税率8% | 6.24% | 1.76% | 飲食料品（酒類を除く） |
税関は、輸入される飲食料品に6.24%＋1.76%の軽減税率が適用されることを確認しています（税関の軽減税率に関する資料（PDF））。新聞の軽減税率は定期購読契約に結びついているため、水際では軽減税率は実質的に食品のルールです。両方の部分は輸入時に税関がまとめて徴収し、正しい当事者であれば後で両方とも控除できます（輸入消費税を取り戻すを参照）。
1万円以下の免税とその廃止
申告ごとの課税価格の合計が1万円以下の貨物は、関税と消費税が免除されます（カスタムアンサー1006、関税定率法第14条第18号）。注意点が3つあります。
- 個別消費税はかかります。酒税、たばこ税その他の内国消費税は免除されません。
- 対象外の品目があります。革製のバッグやハンドバッグ、手袋、ニットの衣類（Tシャツ、セーター）、スキーブーツ、革靴などは、金額にかかわらず免除されません。
- 分割は通用しません。1つのインボイスの貨物を複数の申告に分けても合算され、同じ差出人から同じ名宛人に同時に送られた郵便物も合算されます。
これとは別に、令和8年度の関税改正（令和8年法律第5号、2026年3月31日公布、税関の法令改正一覧）により、個人輸入の「海外小売価格の60%」という課税価格の特例は2026年4月1日で廃止されました。個人輸入も1万円の判定で全額で評価されるようになっています。
20万円以下の貨物の簡易税率
課税価格の合計が20万円以下の一般輸入貨物と国際郵便物には、完全な税率表の代わりに7区分の簡易税率を選ぶことができます（カスタムアンサー1001、関税定率法第3条の3）。
| 区分 | 関税率 |
|---|---|
| 1. 酒類 | ワイン 1リットルにつき70円・蒸留酒 20円・清酒その他 30円 |
| 2. 指定の物品 | 20% |
| 3. 指定の物品 | 15% |
| 4. 指定の物品 | 10% |
| 5. 指定の物品 | 3% |
| 6. 指定の物品 | 0%（無税） |
| 7. その他の物品 | 5% |
区分2～6は別表に列挙された品目群が対象です。自社の商品についてはカスタムアンサー1001で確認してください。乳製品から一部の革製品まで22の品目は対象外で常に一般の税率がかかり、旅客の携帯品・別送品もこの制度の対象外です。輸入者は一般の税率を選ぶこともできますが、選べるのは貨物全体についてだけです。EPA税率の方が簡易税率より有利な場合に役立ちます。どちらを選んでも消費税は通常どおりかかります。
海外のセラーの消費税の登録と申告
譲渡の時点で日本国内にある貨物の販売、たとえば日本の3PLやFBA倉庫にある在庫の販売は、売主に日本法人がなくても国内の課税売上です（国税庁 タックスアンサー6210）。消費税の申告が必要かどうかは課税事業者の判定によります。
- 基準期間の1,000万円の判定。基準期間（おおむね2年前の事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えていれば課税事業者です（国税庁 タックスアンサー6501）。
- 2024年の海外事業者向けの見直し。2024年10月1日以後に開始する課税期間からは、国外事業者は給与等の支払額による判定で特定期間のルールを免れることができなくなりました。基準期間の後に日本での事業を始めた外国法人は新設法人として判定され（資本金1,000万円以上なら課税事業者）、売上50億円超のグループに属する会社は初日から課税事業者です（国税庁 タックスアンサー6503、国税庁 令和6年改正のパンフレット（PDF））。海外のセラーは2年間免税になるという以前の前提は、今ではほとんど通用しません。
- 適格請求書発行事業者。B2Bで販売する場合、日本の顧客が仕入税額控除を全額受けるには適格請求書が必要です。登録していない仕入先からの仕入れの経過措置は、2026年9月30日までは80%、その後2029年9月30日までは50%です（国税庁 インボイスQ&A（PDF））。登録できるのは課税事業者だけなので（国税庁 インボイスQ&A（PDF））、多くの海外のセラーは任意で登録します。日本に事務所のない特定国外事業者は納税管理人の届出を添付して申請し、e-Taxが主な方法で、郵送による書面の申請もできます（国税庁 手続D1-65（国外事業者向け））。
- 納税管理人。日本の国税の義務があり日本に住所のない非居住者は、国税通則法第117条に基づき日本居住の納税管理人を定め、税務署に届け出なければなりません（国税通則法（e-Gov）、国税庁 タックスアンサー6635）。消費税の申告期限は課税期間の終了後2か月以内で（消費税法第45条（e-Gov））、限られた延長の選択ができます。
納税管理人（税務署側）と税関事務管理人（ACP、税関側）は、別々の法律に基づく別々の選任です。税関への届出は税関が徴収する輸入時の消費税についての届出を兼ねることができますが、国税庁側の選任はそれとは別の届出です（カスタムアンサー9601、国税庁 質疑応答 16/27）。
輸入消費税を取り戻す：計算例
輸入消費税は取り戻せるように設計されています。課税事業者は、売上で受け取った消費税からそれを控除します。ただし、すべてを決めるルールが一つあります。輸入消費税を控除できるのは、輸入許可通知書に輸入者として記載された者だけで、その許可書を証拠として保存しなければなりません（国税庁 質疑応答 16/26）。申告者に税額を払い戻した顧客も、フォワーダーや「輸入代行者」も控除はできません。そもそも2023年10月1日以降、税関は輸入許可後の処分権限を持たない者を名義上の輸入者として認めません（税関の改正案内、国税庁 質疑応答 16/27）。基本通達11-1-6には「実質的な輸入者」の狭い例外がありますが、限られた申告の種類について、すべての条件を満たす場合に限られます（国税庁 基本通達11-1）。実務上の結論：最終顧客に渡るまで所有権を持ち続ける海外のセラーは、税関事務管理人を通じて自社名義で輸入し、許可書に自社名を載せて控除を受けられるようにすべきです。
日本の3PLに輸入して国内で販売する海外のセラーの一連の流れは次のとおりです（説明用の数字。実際の計算には端数処理のルールがあり、関税率5%と仮定しています）。
ステップ1：水際で
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| CIF課税価格（貨物＋運賃＋保険料） | 1,000,000円 |
| 関税（5%） | 50,000円 |
| 消費税の課税標準（CIF＋関税） | 1,050,000円 |
| 輸入消費税10%（国税81,900円＋地方消費税23,100円） | 105,000円 |
| 輸入時に税関へ払う合計 | 155,000円 |
ステップ2：倉庫から販売する。課税期間中に在庫が税抜2,000,000円で売れ、顧客から200,000円の消費税を受け取ります。3PLは保管・出荷作業の料金として300,000円と消費税30,000円を請求します。
ステップ3：消費税の申告（課税期間の終了後2か月以内に納税管理人を通じて申告）
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 国内売上の消費税（2,000,000円×10%） | 200,000円 |
| 控除：輸入消費税（許可書は売主自身の名義） | −105,000円 |
| 控除：国内の経費の消費税（3PLの請求） | −30,000円 |
| 差引納付税額 | 65,000円 |
還付になる場合。課税期間の終わりまでに貨物がまだ売れていなければ（売上の消費税0円）、同じ申告で135,000円の控除超過となり、課税事業者に還付されます。この還付があるのは課税事業者として登録し申告している事業者だけで、免税事業者や、許可書が他人の名義になっているセラーは、105,000円をそのままコストとして負担することになります。
プラットフォーム課税：今はデジタルサービス、次は物品
2025年4月1日以降、海外事業者が大規模な指定プラットフォーム（関係する取引高50億円超）を通じて提供するB2Cのデジタルサービスは、プラットフォーム事業者が提供したものとみなされ、プラットフォーム事業者が消費税を申告・納付します（国税庁 タックスアンサー6568）。対象はデジタルサービスだけで、物品は含まれません。
次は物品です。上の注意書きのとおり、令和8年度改正はプラットフォーム経由の徴収を物品にも広げます。2028年4月1日から、指定された大規模プラットフォームは、海外のセラーの少額輸入貨物と国内での物品販売について提供者とみなされ、プラットフォームの指定手続は2027年4月から、販売者の登録は2027年10月から始まります（財務省 令和8年度の概要）。税関はすでにデータを集めています。2025年10月12日以降、輸入申告には通販貨物かどうか、該当する場合はプラットフォーム名、通関後の配送先を記載しなければなりません（税関）。日本での販路がマーケットプレイス中心なら、2028年よりかなり前に、プラットフォームから消費税の登録状況や輸入書類の提出を求められると考えてください。
よくある質問
- 日本に入る貨物の関税と消費税は誰が払うのですか？
- 輸入者、つまり輸入申告を行い保税地域から貨物を引き取る者です。消費税の課税事業者かどうかは関係ありません。免税事業者や個人でも、課税貨物を引き取るときは輸入消費税を納めます。非居住者の輸入者は手続のために税関事務管理人（ACP）を選任する必要がありますが、納税義務は税関事務管理人ではなく輸入者に残ります。
- 輸入する食品の消費税率は？
- 酒類を除く飲食料品は、輸入時に軽減税率8%（国税6.24%＋地方消費税1.76%）が適用されます。それ以外のほとんどの貨物は標準税率10%（国税7.8%＋地方消費税2.2%）です。
- 1万円以下の免税はFBA在庫のような商業在庫にも使えますか？
- 申告全体の課税価格の合計が1万円以下の場合に限られ、商業貨物ではまれです。分割した貨物は合算され、革製のバッグ、ニットの衣類、スキーブーツなど対象外の品目もあります。また令和8年度改正により、EC向け輸入については免税の消費税部分が2028年4月で終了する予定です。
- DDPで出荷した場合、日本の顧客は輸入消費税を控除できますか？
- できません。輸入消費税を仕入税額控除できるのは、輸入許可書に輸入者として記載された者だけです。DDPでは通常、海外の売主が輸入申告者になるため、日本の荷受人はその税を控除できません。売主が取り戻すには、消費税の課税事業者となり、納税管理人を通じて日本の消費税申告を行うしかありません。
- 日本の消費税の申告期限はいつですか？
- 原則として課税期間の終了後2か月以内です（限られた延長の制度があります）。非居住者は、国税通則法第117条に基づいて選任した納税管理人を通じて申告します。
- 納税管理人と税関事務管理人は同じ選任ですか？
- いいえ。納税管理人は税務署に届け出て消費税の申告などの国税の手続を行い、税関事務管理人（ACP）は税関に届け出て税関手続を行います。税関への届出は、税関が徴収する輸入時の消費税についての届出を兼ねることができますが、税務署への選任は別の届出です。日本に輸入して販売する非居住者のセラーは、通常その両方が必要です。